Un nuevo estudio publicado en la revista American Journal of Human Genetics , dirigido por investigadores de Vanderbilt Josh Denny, MD, MS, y Dana Crawford, Ph.D., toma al azar el volumen de los genotipos humanos y los compara con los datos desviados de des-identificados los registros médicos y arroja nueva luz sobre las bases genéticas de enfermedades comunes del hipotiroidismo.
En un laboratorio de investigación, una cosa más gratificante que un nuevo descubrimiento es un nuevo descubrimiento que inaugura prometedoras nuevas metodologías de investigación. Entre otras novedades de este estudio, es el primer genoma completo estudio de asociación (GWAS) que reutiliza los genotipos existentes y la información clínica de los registros médicos electrónicos para estudiar una nueva enfermedad.
"Nuestra premisa fue, vamos a ver si se puede hacer básicamente un GWAS 'no genotipificación", dijo Denny. "¿Podemos utilizar lo que ya está en el estante, tomar otra enfermedad, y analizar que dentro de esas muestras?"
Un análisis GWAS, para las asociaciones entre una determinada enfermedad y un montón de variantes genéticas comunes - simple, de una sola letra variantes que se presentan ya sea a cara o cruz, cada lanzamiento de la moneda sesgada por la herencia, cada variante tiene su propia relación histórica de las cabezas de las colas. Usando muestras de ADN de cientos de individuos con y sin una determinada enfermedad, un GWAS cuidadosamente coincide cientos de miles de estos lanzamientos de la moneda de cada región de cada cromosoma (utilizando un dispositivo conocido vario como un microarreglo de ADN o chip genético).
La Red de emerger (registros médicos electrónicos y genómica) se formó para acelerar este tipo de descubrimiento. Se trata de un consorcio nacional de biorepositories, creada en 2007, que une a las muestras de ADN sin identificar los registros médicos. (Vanderbilt es el centro de coordinación para salir.)
A los cinco sitios originales de la red un total de cinco GWAS, ya se habían realizado en cinco diferentes enfermedades y condiciones. El nuevo estudio con éxito recicla que los datos, la búsqueda de cuatro variantes en el cromosoma 9, cerca de un gen que codifica para un factor de transcripción tiroideo, para ser altamente asociados con el hipotiroidismo primario.
Con una configuración como EMERGE, el arte de un GWAS viene en el diseño de algoritmos de computadora que puede escanear los registros médicos y localizar los casos y controles, es decir, individuos con y sin una determinada enfermedad. Este es el primer estudio que demuestra la portabilidad de un algoritmo de selección de casos y control a través de los registros médicos electrónicos de varias organizaciones.
"A medida que pasa el tiempo, el número de cosas que se pueden analizar con los sistemas electrónicos de genotipo y las poblaciones de registro médico está limitado, sólo por las enfermedades que enviar a la gente con sus médicos".
Un estudio de asociación amplia del fenómeno, o PheWAS, es una tercera innovación Vanderbilt utilizados en este estudio. Mientras que un análisis GWAS genotipos de las asociaciones con una determinada enfermedad, un PheWAS se los lotes contrario, las pruebas de fenotipos clínicos - es decir, un montón de diferentes enfermedades y su control - las asociaciones con una variante genética única.
Por su PheWAS, el equipo utilizó un algoritmo para investigar las historias clínicas de todos los individuos con genotipo de emerger para más de 1.000 enfermedades y síndromes y sus controles. Entonces la prueba de asociación estadística entre cada uno de estos fenotipos y la única variante genética que sus GWAS, había encontrado a la mayoría de los asociados con el hipotiroidismo primario. La cuestión era si esta relación de una moneda de cabeza, a cola sería traicionar a la asociación con los otros fenotipos clínicos, además de hipotiroidismo.
El PheWAS funcionó espléndidamente, volviendo la asociación hipotiroidismo mismo que el GWAS, junto con varias asociaciones adicionales que ayudan a arrojar luz sobre las bases genéticas de la enfermedad.
"Creo que esto establece un paradigma por el cual nos fijamos en los estudios GWAS con PheWAS, para dar seguimiento", dijo Denny.
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